除了众所关注的中关村产业搬迁，国家部委下属事业单位和教育机构是否率先搬迁，也经历了热烈的讨论。
“这不是件容易的事。”杨开忠表达了自己的看法。他将国家部委下属的事业单位和教育机构分为大学和科研机构两类。在他看来，就大学而言，可以分为研究型大学和教学型大学两类，因为研究型大学是科技创新的核心功能，而教学型大学是科技创新的非核心功能，“像北大、清华这样的研究型大学应继续留在北京，而那些教学型大学可以向河北、天津转移。”他同时表示，即便是研究型大学，对那些不能代表国家参与全球竞争的大学，也可以考虑进行适当的缩减。
就科研机构而言，杨开忠认为判断是否搬迁也有两个标准：首先，对那些非世界性的、在国际上不能代表中国的科研机构，可以考虑适度缩减；其次，对那些依附于行政机构的科研事业单位也应当随着行政机构的缩减而缩减。而天津和河北两地对比，“河北更适合承载北京分离出去的高校和科研机构的行政功能。”
中国人民大学经济学院区域与城市经济研究所所长孙久文认为，北京最适合的是知识型产业，科技、文化、教育、医疗、金融等产业，都是首都功能的重要组成部分。“旅游、文化、科技创新、金融以及一些高端的商务服务等，北京都可以保留；而传统的批发、区域性物流等行业，可以根据市场的规律转移出去。”孙久文说。
